Descobriu: Apenas o arquivo de banco de dados Hypersonic 1 precisa ser copiado para a nova máquina (neste caso a máquina antiga roda o funambol 9 e o novo funambol 10):
$FUNAMBOLHOME/tools/hypersonic/data/funambol.script
1 tecnicamente não é um arquivo DB, mas uma coleção de comandos sql para restaurar o último estado do banco de dados porque o hipersônico é um banco de dados em memória