Os pacotes nos backports sempre têm números de versão mais altos do que os outros repos padrão, então efetivamente sim.
Tradicionalmente, isso está correto. Como os backports sempre têm números de versão mais altos que os outros, se eles estiverem habilitados, eles serão preferidos.
No entanto, isso realmente mudou nas versões recentes do Ubuntu. Para a versão 10.04 (Natty), alteramos o apt para que ele apenas instale backports se eles forem especificamente solicitados (o que você pode fazer adicionando o sinalizador -t oneiric-backports (ou similar) a apt-get .
(Nada disso é afetado pela ordem das entradas nos seus arquivos sources.list; eles são usados apenas se várias linhas fornecerem a mesma versão exata de um pacote, e, nesse caso, buscaremos a mesma da primeira lista)