O Server.app é usado para configurar os serviços do SO subjacentes, para que ele não "intercepte" nada. No caso de portas, você está configurando o software de firewall. Em casos como o compartilhamento de arquivos, você também configura os daemons AFP / SMB / NFS com listas de controle de acesso.
Pense no Server.app como sendo apenas uma GUI conveniente que permite fazer tudo isso a partir de um local lógico.
Seu "diretório de arquivos inteiro" só será servido pelos daemons AFP / SMB / NFS se eles forem explicitamente configurados por você para fazer isso. Algum cuidado é chamado aqui, pois o IIRC AFP pode ter um "compartilhamento administrativo" padrão que permite que um usuário administrador monte o volume inteiro ... Mas isso ainda não é algo com o qual você normalmente deveria se preocupar, como um usuário com Admin privs poderia simplesmente alterar a configuração de compartilhamento de qualquer maneira.
Espero que isso esclareça como o Server.app faz o que faz.