Você não deve precisar compilar o MonoDevelop por conta própria, e eu sei que os assemblies GTK e GDK estão em algum lugar em [community] . Eu não tenho certeza de qual unix assembly você está falando, no entanto.
Já tentou ler o que o wiki tinha a dizer? Eu segui essas instruções para configurar um ambiente de desenvolvimento para o Mono há cerca de 2 semanas e não tive nenhuma interrupção