O que você poderia fazer é criar um grupo na máquina remota que corresponda àquele dos arquivos. Mas isso só lhe dará acesso aos arquivos que são modificáveis em grupo.
Outra opção é criar um usuário fictício em seu host remoto, ao qual somente você se conectará (usando su), usando o mesmo UID que a máquina local.
Uma terceira opção é fazer rapidamente um diretório chown -R $ {USER} / e reverter isso; No entanto, não tenho certeza se o rsync selecionará a diferença, o que pode fazer com que os arquivos sejam diferentes. Você deveria experimentar isso.
Mas, em geral, um backup não deve ser modificado:)