Onde você instala o Ubuntu não deve afetar o que você pode executar nele. Enquanto o NS rodar normalmente (sem experiência com isso), você poderá executá-lo bem no seu disco rígido externo.
NOTA: Só porque é um disco rígido externo, não significa que você será capaz de mover a instalação do Ubuntu de computador para computador e isso pode causar problemas se você tiver dispositivos externos adicionais conectados.