Então, basicamente, você quer contar o número de células anteriores na coluna A que fazem referência ao mesmo projeto e, em seguida, escolher a célula apropriada do documento externo a partir dessa contagem?
Que tal usar o COUNTIF para contar as referências do projeto e, em seguida, usar essa contagem para adicionar a "A4"? Se você colocar um cifrão na frente do primeiro número da linha que permanecerá estático enquanto você copia a fórmula, por exemplo, sempre contando a partir do topo da folha até a linha atual.
=COUNTIF(A$1:A1;A1)
=COUNTIF(A$1:A2;A2)
A fórmula final seria algo como
B2 = =pull(CONCATENATE("'F:\ITO\",A2," Project","\","[",A2,".xlsx]Server Config'!","A", 3+COUNTIF(A$2:A2;A2)))