Nível de execução 0 corresponde ao desligamento e Nível de execução 6 corresponde a reinicialização.
Os diretórios /etc/rc[0-6].d/ contêm scripts que são executados quando um determinado runlevel é iniciado.
Assim, você pode escrever um script que contenha comandos para desligar vários processos e armazenar esse script em /etc/rc0.d/K99_yourscript e torná-lo executável. Isto irá executar o seu script no desligamento. Copie o script para /etc/rc6.d/K99_yourscript para que ele seja executado na reinicialização também.