Você deve conseguir controlar a velocidade do ventilador da placa gráfica usando o driver ATI. No Catalyst Control Center, vá para a seção Performance e marque "Enable manual fan control." Mova o controle deslizante para baixo até que o ventilador fique em silêncio. Se você não tem o Catalyst Control Center, ele vem com o pacote de driver que você baixou da AMD ao atualizar para o driver mais recente.
Se isso não resolver o problema, desconecte o ventilador da placa gráfica quando não estiver jogando. Não vai gerar muito calor para operação em 2D. Eu removi permanentemente os fãs de cartões quando o ventilador ficou muito barulhento e continuei a usá-los por anos depois, sem efeitos nocivos.
Se isso te deixar nervoso, você provavelmente encontrará um cooler substituto, ou pelo menos um ventilador mais silencioso.