A BIOS está praticamente informando o que a unidade está dizendo.
A mesma coisa quando os dados são enviados para e do dispositivo. Tudo o que a BIOS se preocupa é que é um dispositivo USB.
No que diz respeito à corrupção de dados, não. Você vai fazer muito bem. Novamente, para todos os cuidados com a BIOS, é apenas outro dispositivo USB. O BIOS não se importa com o sistema de arquivos usado. Você só deve se preocupar quando seu sistema operacional ficar confuso.