Gerar um arquivo .md5 separado para cada arquivo .fastq em um diretório?

Question

Estou tentando gerar arquivos .md5 separados para cada arquivo .fastq em um diretório. Eu encontrei soluções para gerar um único arquivo .md5 para muitos arquivos, mas isso não é o que estou procurando.

Eu tenho file1.fastq , file2.fastq , file3.fastq e desejo gerar file1.md5 , file2.md5 , file3.md5 .

Eu suponho que um loop FOR faria o truque, mas eu não sou um programador e não consigo encontrar uma solução para este problema.

Eu também tentei o seguinte código:

find . -type f -name "*.fastq.gz" -exec sh -c "md5sum < {} > {}.md5" \;

Ele gera corretamente um arquivo .md5 para cada arquivo .fastq, mas o conteúdo do arquivo .md5 está incorreto, ou seja, eu recebo 64399513b7d734ca90181b27a62134dc -

em vez de 64399513b7d734ca90181b27a62134dc testfile.fastq

Alguém pode ajudar?

    

Answer 1

O caso mais simples é:

for file in *fastq; do md5sum "$file" > "$file".md5; done

Isso, no entanto, criará nomes de arquivos como file1.fastq.md5 . As extensões são basicamente irrelevantes aqui, então isso não é um problema, mas se você preferir file1.md5 , faça isso:

for file in *fastq; do md5sum "$file" > "${file//.fastq}".md5; done

    

Answer 2

Além disso, o comando md5sum não imprime o nome do arquivo porque cada arquivo é lido a partir do shell devido ao redirecionamento < , e md5sum não pode saber o nome do arquivo original, pois ele alimentou o conteúdo do arquivo diretamente.

Então, se você quiser processar todos os arquivos no diretório de trabalho atual recursivamente, você pode usar este comando:

find . -type f -name "*.fastq.gz" -exec sh -c "md5sum {} > {}.md5" \;