Eu resolvi esse problema - nas versões mais recentes do acrobat, o padrão é usar o player de vídeo em flash. Devido às configurações de segurança, não é possível ativar o modo de tela cheia por padrão. Mas se você incorporar um vídeo como um formato legado, é possível iniciar em tela cheia no Acrobat 9 (no Acrobat X, os formatos herdados não são mais possíveis). Então, o que eu fiz foi incorporar quicktime como um formato legado (Acrobat 6), e nas propriedades de multimídia, na guia Configurações, se você clicar na renderização e clicar em Editar edição, na guia Localização da reprodução, você pode especificar tela inteira como o método de reprodução padrão.