Assim, seu BIOS confunde o disco rígido em questão com uma unidade óptica (a primeira vez que ouço isso, mas o Vista nunca para de surpreender). Como você pode instalar o drive como secundário, você deve ser capaz de sobrescrever o MBR com o GRUB2 e assim restaurar um bootloader sã (o GRUB2 foi instalado com o Ubuntu, então sobrescrito pelo Vista e agora cabe a você instalar o GRUB2 novamente). Você precisará do grub-setup, grub-install e chroot. Leia sobre a reinstalação de um bootloader grub.
Ou seja, desde que o outro disco rígido que você pode inicializar contenha uma forma de Linux para executar os comandos do GRUB. Caso contrário, o plano B seria inicializar o CD-ROM sem nenhuma unidade conectada e, em seguida, incluir o SATA HDD em funcionamento. Não tente isso se for um IDE HDD .
Para um bom CD inicializável com ferramentas de grub, posso recomendar "System Rescue CD" e "grml". O CD do Ubuntu também deve vir com ferramentas de resgate.