O problema é que a fonte da sua empresa é uma fonte não padrão. Se você me enviar algo com uma fonte não padrão incorporada e meu computador não tiver essa fonte, meu computador substituirá a fonte que não tem por algo semelhante. Se você quiser que os slides criados tenham a mesma aparência em todos os lugares, exporte-os como um PDF. Apenas entenda que qualquer edição feita exigirá um editor de PDF em vez do Keynote.
No arquivo de anotações real, há texto e anotações sobre como exibir esse texto. O texto precisa ter cor "X", tamanho "Y" e fonte "Z". Se eu não tiver a fonte que você está usando, não posso exibi-la.
A única outra maneira de corrigir isso é enviar uma cópia da fonte da sua empresa com qualquer arquivo do Keynote que você criar. Contanto que você possua os direitos sobre a fonte da sua empresa, você não estará violando direitos autorais distribuindo-os.