Eu resolvi isso. Para os outros:
Eu fiz aptitude why ffmpeg e deu k9copy e dvdrip . Eu removi aqueles. Então eu removi ffmpeg . Isso pode não ter sido o problema. apt-get dist-upgrade -s me deu uma lista de pacotes que deveriam ser atualizados. O primeiro deles é libboost-all-dev . Novamente, why me disse que não era necessário, então eu remove d. Apenas três pacotes foram deixados agora. Tudo em combinação com o libboost - Esses eram pacotes que eu tinha instalado manualmente antes do upgrade. Eu os removi e agora o sistema está limpo novamente.