Não é realmente uma pergunta do SuperUser, mas se o pacote IS for criado para implantar o atalho, não há como impedi-lo na linha de comando. Você precisará editar o pacote com o InstallShield e editar o atalho.
Boa sorte!
Eu herdei um projeto do InstallShield Developer 8.0 que está configurado para instalar um atalho do aplicativo para a área de trabalho. Um usuário deste software gostaria de uma opção de linha de comando adicionada ao Setup.exe para evitar esse atalho. Eu nem sei por onde começar adicionando opções de linha de comando personalizadas.
Estou usando o Installshield Developer 8.0, Service Pack 1.