Se você tem um "X Window Manager compatível com EWMH / NetWM", e provavelmente faz ( aqui é uma lista) Em seguida, você pode usar wmctrl para mover o programa para outra área de trabalho / área de trabalho depois que ele já tiver sido iniciado. O VirtualBox aparece para colocar o nome da VM no título da janela, então algo assim provavelmente funcionará para você:
virtualbox --startvm myvin &
sleep 2 # adjust accordingly
wmctrl -r myvin -t 1 # move window containing title 'myvin' to the 2nd desktop
wmctrl pode não ser instalado por padrão. Instale-o usando o gerenciador de pacotes da sua distribuição, se necessário (por exemplo, apt-get install wmctrl em sistemas baseados no debian).
Útil para solucionar problemas:
wmctrl -d lista os desktops disponíveis.
wmctrl -l lista as janelas disponíveis (inclui o valor do título da janela).