Não, eles não pertencem lá. Os únicos arquivos ocultos que devem estar na área de trabalho são 2 cópias de desktop.ini, e isso somente se arquivos super-ocultos (ou arquivos super-ocultos) estiverem ativados.
Não tenho certeza, no entanto, de onde você vê esses arquivos. Você poderia explicar mais detalhadamente?