Do que você está dizendo (especificamente sua referência à entrada do menu Editar - > Preferências de perfil - > Cores ), deduzo que você está usando o gnome-terminal.
É por isso que não funciona: o gnome-terminal não usa os arquivos ~/.Xresources
ou ~/.Xdefaults
. Ele tem sua própria configuração, armazenada em outro lugar (especificamente, ~/.gconf/apps/gnome-terminal/
).
Veja também aqui: link
Nos velhos tempos, quando tudo era simplificado e padronizado no GNU / Linux, basicamente qualquer programa de terminal usaria esses arquivos. Mas hoje em dia, todo desenvolvedor está fazendo suas próprias coisas, especialmente quando você olha para o Gnome, KDE e consortes.
Se você quiser entender e brincar com os arquivos ~ / .Xresources e ~ / .Xdefaults , use um terminal X old-school como xterm, rxvt ou urxvt.