Programas GUI nem sempre são facilmente automatizados.
O primeiro desafio é o script nautilus.
O que contém?
cat ~/.gnome2/nautilus-scripts/mycommand
Talvez você possa fazer isso de uma maneira mais direta.
cat inputfile.txt | ssh REMOTE "mycommand"
ou
cat inputfile.txt | ssh REMOTE "cat - > tmp.txt; ~/.gnome2/nautilus-scripts/mycommand -option tmp.txt"
ou com dois comandos, scp primeiro.