Eu acho que esses caracteres não estão presentes na fonte disponível para Putty.
Você pode verificar isso usando ls > ls.out; vim -R ls.out
e usando o comando ga
do vim para exibir o número de ponto de código hexadecimal para o caractere problemático. Em seguida, verifique se a fonte usada pelo Putty contém um glifo para esse ponto de código.