Primeiro, não que o problema de bloqueios leves seja nada incomum .
Como afirmado na Wikipedia:
The computing phrase "interrupt request" (or IRQ) is used to refer to either the act of interrupting the bus lines used to signal an interrupt, or the interrupt input lines on a Programmable Interrupt Controller (PIC).
Wikipedia também lista uma questão interessante no JFFS2:
All nodes must still be scanned at mount time. This is slow and is becoming an increasingly serious problem as flash devices scale upward into the Gigabyte range.
Minha teoria é que é uma limitação do sistema de arquivos e que está sobrecarregando o hardware com muitas solicitações de leitura do cartão SD, dependendo do tamanho.
Mas, novamente, eu não posso dizer que eu saiba alguma coisa sobre sistemas de arquivos, então isso provavelmente está fora da base em alguns pontos.