Há algo errado com o seu caminho. Meu palpite é que a string "D: \ cygwin \ bin \ ocamldep.exe" é passada para sh, que então faz a remoção de barra invertida e termina com D: \ cygwinbinocamldep.exe.
Post, por favor, o que está na sua variável $ PATH: echo $ PATH dirá qual é o seu valor.
Além disso, você pode tentar executar D: \ cygwin \ bin \ ocamldep.exe, /cygwin/bin/ocamldep.exe ou /bin/ocamldep.exe (o primeiro é o caminho do Windows com o estilo X