O Windows provavelmente está classificando seus ícones por Nome - assim, se você right-click
da área de trabalho e escolher Sort By->Date Modified
, ele adicionará os novos itens após os existentes.
Quanto ao canto inferior direito - nunca encontrei esse comportamento.
Outra opção é instalar Cercas - Ele irá organizar os ícones constantes em sua área de trabalho em tal maneira que os ícones não constantes não irão interromper.
Além disso, considere que uma área de trabalho com muitos ícones geralmente não é tão eficiente para uso, talvez um Launcher possa ajudá-lo.