Cron é a resposta para este problema, sem dúvida. O daemon seria necessário se você tiver algo que requeira tempos de despertar subanimados ou seja completamente orientado a eventos. Se você tem algo que precisa ser executado a cada 5 minutos, você deve agendá-lo com o Cron e evitar todas as complexidades do daemon. Uma coisa que eu gostaria de sugerir investigar seria ter um bloqueio que impediria que os scripts executassem mais de uma instância por vez.