Isso deve funcionar
rsync --existing SRCDIR/* DESTDIR/
Se você quer que seja recursivo
rsync -r --existing SRCDIR/* DESTDIR/
Como posso substituir arquivos existentes no destino (arquivos corrompidos), mas não copio outros arquivos da origem
Não consigo coletar arquivos existentes da origem e não há mais espaço livre disponível no destino para adicionar novos arquivos
Os aplicativos do Windows ou o script bash podem ajudar