Se forem predominantemente janelas do navegador, você poderá criar uma página da Web de inicialização simples (arquivo HTML) ou script que automatizará o processo de abertura da janela do navegador, usando Javascript para abrir novas janelas, posicioná-las e redimensioná-las de acordo com sua especificação.
Caso contrário, os excelentes drivers gráficos fornecidos pela AMD / ATI e pela NVIDIA fornecem vários gerenciamentos de desktop / aplicativos / janelas que salvam as posições das janelas. Você precisará de hardware de suporte, é claro. Há também software de gerenciamento de janelas de área de trabalho disponível em fornecedores terceirizados (procure por vários gerenciamentos de área de trabalho / janelas, etc.).