Se uma placa não aparecer no lspci, suspeitaria que ela não estivesse conectada corretamente. Talvez você possa experimentar um slot PCI diferente.
Atualmente, ao não configurar o Xdmx corretamente, estou tentando usar 3 monitores com 2 placas gráficas em uma máquina no Fedora 15 e no KDE. As 2 placas gráficas são uma ATI HD4670 (pcie) e (iirc) uma Nvidia MX400 ou similar (pci). A primeira placa está acionando uma tela de 1920x1080 + 1280x1024 e a da pci está acionando um monitor de 1024x768.
O problema é que a saída só passa pelo HD4670, não importa o que eu faça, e um lspci | grep VGA mostra apenas o cartão radeon. Parece que a placa PCI está sendo desativada pelo BIOS, ou algo semelhante a isso, já que nenhuma saída sai dela durante a inicialização. Não vi nenhuma opção de BIOS relacionada a dispositivos de vídeo,
Se alguém pudesse encontrar uma solução para isso, seria muito apreciado.
EDIT: Além disso, todos os monitores, cabos e placas gráficas são conhecidos trabalhando, todos eles foram usados com outros sistemas.
Se uma placa não aparecer no lspci, suspeitaria que ela não estivesse conectada corretamente. Talvez você possa experimentar um slot PCI diferente.