O winpe é uma instalação autônoma do windows em um cd - para que você não tenha vantagem de usá-lo para instalar. Considerando a rapidez com que as instalações modernas do Windows são instaladas, não ajudará muito.
No entanto, se você quiser usar uma unidade externa para instalar, poderá usar o wudt para converter uma iso em um disco instalável. Este não usa winpe de qualquer forma - apenas copia arquivos e configura o drive usb para ser uma fonte de instalação