Dê uma olhada no GParted (que você pode ter que instalar primeiro). Vai te dizer se algo está errado com as partições.
EDITAR:
Se assim for, a situação não é boa. Você pode usar dd
para fazer um backup no caso de descobrir uma maneira de recuperar os dados, alterando sdx
para o dispositivo correto e o of=
nome do arquivo para o nome da imagem de backup desejado:
dd if=/dev/sdx of=/output/file.img
Basicamente, porém, sua tabela de partição está provavelmente corrompida. A única coisa que sei fazer, na falta de ferramentas especializadas que podem ou não existir, é apagar a tabela de partições e criar uma nova partição (s). Claro, isso irá apagar completamente o seu pen drive; daí o backup que mencionei acima.