Você pode despejar com segurança todos os seus arquivos em uma partição ext3 ou ext4 do Ubuntu e depois copiá-los para sua nova partição HFS + posteriormente. Apenas um simples copiar / colar em uma rede. Isso exigirá algum cabo Ethernet para conectar os dois computadores. Eu faço isso com frequência, pois meu servidor é uma caixa do Linux e tenho isso conectado ao meu MacBook.
Se quiser, você pode formatar uma partição NTFS no Ubuntu, mas isso não é necessário.