Você está usando o cooler padrão que vem com a CPU ou um terceiro?
Você tem certeza de que o ventilador está conectado corretamente (todos os 4 pinos usados) ao conector de ventoinha correto (deve estar rotulado como CPU_FAN, próximo à bateria do CMOS)?
Já experimentou o cooler / ventilador em outra placa-mãe?