Esta é uma questão extremamente subjetiva, e não há resposta certa ou errada e depende muito do seu sistema e padrões de uso.
Supondo que seja um sistema razoavelmente moderno (IE, sata) você pode considerar o uso de um SSD de algum tipo (até mesmo uma unidade de 40-80 gb) para as coisas que você precisa rodar mais rápido e usar uma unidade maior para armazenar . Com praticamente tudo menos do mais recente hardware de última geração (IE com sistemas de ponte arenosa ou bulldozer), é provável que você esteja maximizando a largura de banda da sua interface de unidade com um SSD e minimize os tempos de carregamento, supondo que seu disco seja o atual gargalo , e você tem os arquivos que você precisa no disco.
Discos rígidos grandes são relativamente baratos, internos e externos - eu uso uma unidade interna para coisas que eu quero armazenar (ou seja, teoricamente posso perder) e uma unidade externa (ou um bom serviço de backup baseado em nuvem ilimitado) para uma segunda linha de backup. Mais uma vez, isso depende das suas necessidades