ler esta página pode explicar isso para você NTFS versus fat32
fat32 para mídia removível, como pen drives e pequenas unidades externas. NTFS para o disco principal do sistema operacional.
ou este Link da Microsoft link para ms ntfs v fat32
Possible Duplicates:
NTFS and FAT32 question
Cross-platform file system
Qual é a diferença entre NTFS e FAT e qual é mais preferível?
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fat32 para mídia removível, como pen drives e pequenas unidades externas. NTFS para o disco principal do sistema operacional.
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