Eu sei que isso pode ser antigo, mas pode ajudar alguém.
Basta criar um arquivo .desktop com o seguinte conteúdo
[Desktop Entry]
Type=Application
Icon=path/icon.png
Name=Name
Comment=Description
Categories=Applications
Exec=/path/to/yout/exec
StartupNotify=true
Terminal=false
Salve como myexec.desktop E você é bom para ir.
Funcionou para mim e descobri que é uma maneira melhor de mudar o comportamento padrão do gerenciador de arquivos (mais eu nunca encontrei o caminho em todos os lugares que eu li era apenas sobre nautilus).