Limpar estado / reinstalar pode não ser a solução adequada. Você precisa de um "olho limpo". Uma pessoa que conhece o seu trabalho, mas nunca viu o seu servidor / configurações. Ele vai identificar o problema de uma só vez.
No entanto, se você reinstalar: A única coisa que você precisa é o diretório / home se falarmos sobre o desktop. No servidor? Salve o SQL, páginas da web, configurações de correio / email / o que você tiver. Outras coisas: Material auto / compilado para executar o seu negócio (como servidor IRC personalizado ou algo parecido).
E acho que é tudo.