Se você não quer ser multiplataforma, no Linux você pode usar SIGSTOP
para pausar e SIGCONT
para continuar.
Por exemplo, para parar o processo com o PID 123:
kill -SIGSTOP 123
E então continue:
kill -SIGCONT 123
Isso não é diretamente portável para outras plataformas (maioria dos telefones celulares, Windows).