Consegui reproduzir o problema, embora o comportamento no CSSEdit e no Safari fosse o mesmo.
Razão: Parece que o Safari ignoraheight para os botões cujas outras propriedades são inalteradas para poder desenhar o botão nativo do estilo Aqua. Adicione border: 1px; a essa definição - nesse caso, a altura e outras propriedades do botão mudaram para mim.