Se o problema for com um ícone na área de trabalho, é fácil corrigi-lo e não vale a pena rastrear essa falha na instalação:
Clique com o botão direito do mouse no ícone, selecione Propriedades e clique em Alterar ícone. O ícone do IE9 é provavelmente o primeiro, então clique nele e depois em OK.