Em que tipo de computador o Windows está instalado? Quase certamente haverá problemas de driver, mas eles podem ser superados. Um problema maior será o molho secreto que a Apple usa para fazer o trabalho do Boot Camp.
Possível solução: instale um novo Windows 7 com um sabor correspondente (32 x 64 bits) e, em seguida, sobrescreva sua partição com a instalação existente. Dessa forma, você pode usar uma solução de migração do Windows mais típica, que alguém que saiba mais sobre o Windows do que eu possa fornecer.