Depois de obter os arquivos das verificações no disco, você pode usar uma ferramenta como ImageMagick para combinar todas as imagens em um imagem grande, PDF ou TIFF de várias páginas.
por exemplo:
$ convert 1329.jpg 1330.jpg -adjoin identity.tiff
O ImageMagick também pode se conectar diretamente ao XSane que eu acho no Windows para acessar o scanner. Eu nunca tentei isso embora.