Seu plano deve funcionar, mas você encontrará problemas no setor de inicialização - o sistema operacional não será necessariamente inicializado a menos que você diga ao computador onde encontrá-lo. Então você usará DISKPART e BCDBOOT (fora do disco de recuperação).
Scott Hanselman teve que brincar com seu setor de inicialização após uma falha no disco rígido. Confira .