Eu acho que você vai achar muito difícil impedir que o Windows (e os programas executados nele) apresentem diálogos de erro, especialmente de uma maneira geral.
Sua melhor aposta é gastar seu tempo aprimorando seus scripts para incluir tratamento de exceção (erro) , para que eles podem lidar com esses erros graciosamente (e silenciosamente).
Se é sempre o mesmo diálogo de erro, outra opção (mais hackish) pode ser criar algo que monitore continuamente essa janela de diálogo específica e a feche para você.