Seu primeiro comando criou um repositório no diretório /trunk .
Você não criou um diretório 'trunk' dentro de um repositório. Você criou um repositório em um diretório chamado trunk.
Seu segundo comando então iniciou um servidor svn para hospedar este repositório.
Quando você passa em -r /trunk para o svnserve você está dizendo que você quer que o svn: //domain.name/ aponte para a pasta / trunk do sistema de arquivos.
Sugiro tentar o seguinte para criar um repositório vazio e adicionar um diretório de tronco a ele:
mkdir /repository
svnadmin create /repository
svnserve -d -r /repository
svn mkdir -m "Making trunk directory." svn://domain.name/trunk
Como alternativa, em vez do comando svn mkdir , você pode fazer o checkout do repositório vazio, adicionar o conteúdo necessário e, em seguida, registrá-lo novamente. Por exemplo:
cd ~
svn co svn://domain.name/ myWorkingCopy
cd myWorkingCopy
mkdir trunk
cp /path/to/existing/codebase trunk/
svn add trunk
svn ci -m "First commit of trunk codebase"