MediaWiki tem uma função de exportação XML, e eu já vi isso para listar os bugs conhecidos antes com alguns projetos. É muito extensível, então, se algum recurso estiver faltando, não será muito difícil encontrar / codificar uma extensão (e a lista de discussão é de alta qualidade). Você poderia fazer metadados / marcação através do sistema de categorias embutido, usando [[Category:foobar]]
em uma página. Eu usei MediaWiki por vários anos, e devo dizer que eu achei que fosse o mais intuitivo de todos os softwares wiki que eu usei.