Você pode usar o MakeMKV (versão do Linux disponível no fórum) para copiar o DVD inteiro para um arquivo MKV, depois usar algum utilitário ou outro para transcodificar as faixas de vídeo para h.264 (e áudio para aac, se você quisesse). Você poderia até mesmo usar o Handbrake para lidar com a transcodificação, então um pouco de magia mkvextract / mkvmerge para puxar as legendas para fora do MKV original e transformá-las no MKV menor. Então você pode excluir o grande MKV.