A resposta curta é: sim.
A resposta um pouco mais longa e mais complexa é que você essencialmente estará dividindo seus discos em dois. Isto irá (provavelmente) resultar em mais travessias de cabeça de leitura / gravação ao ler de uma partição para outra. Embora não seja provável que você veja uma grande desaceleração, você estaria usando mais energia, o que provavelmente já é um prêmio quando você tiver seu laptop desconectado.
Eu também me pergunto qual é o seu raciocínio para fazer isso?