Isso ocorre porque o PowerShell verá a saída como sequências por padrão. Strings no .NET são Unicode, então essa é a saída padrão do PowerShell.
Suponho que você esteja usando o PowerShell para gravar a saída em um arquivo? Em caso afirmativo, usar "Set-Content -Encoding Byte" corrigirá seu problema.
Measure-Command {& "c:\myscript.pl" | Set-Content "C:\myoutput.bin" -Encoding Byte}