Eu nunca tentei isso, mas não consigo pensar em uma razão para isso não funcionar.
Você deve ser capaz de colocar uma única placa PCI Express x1, x2, x4, x8 ou x16 em um slot x16 PCI Express. O chipset deve reconhecer que o cartão não é uma placa de vídeo e não habilita o SLI ou o Crossfire. Se este não for o caso, veja se você pode desativar o SLI e o Crossfire dentro do BIOS.
Desculpe, não pude lhe dar uma resposta definitiva.