Eu não acho que haja algum perigo com esse método. A razão pela qual o malware não pode se esconder quando está no linux (Ubuntu) porque o Windows e o Linux são diferentes. O Linux não pode executar arquivos exe sem aplicativos que permitam sua execução. A maioria dos malwares tem uma coisa do tipo autorun que permite ocultar os arquivos, mas como o linux não pode ler arquivos exe em todos os arquivos não estão ocultos.
Espero que isso ajude.